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万种鸟基因组计划将分目、科、属、种四个阶段完成对全球现存所有鸟类基因组的解读工作，解决一系列物种起源、演化和鸟类生物学重大科学问题。

鸟纲是四足类动物中分化程度最高，物种最为丰富的一类脊椎动物，目前已知约10,500种鸟类物种，广泛分布于地球各种生境，是研究生物多样性的形成及维持机制的重要物种类群。万种鸟基因组计划旨在从全基因组水平构建鸟类的生命之树，解码动物遗传变异和性状差异之间的联系，揭示分子演化和生物地理学及物种多样性格局之间的关系，评估环境气候及人类活动对物种演化过程及生物多样性的影响，并且揭示整个鸟纲物种的种群变化历史。该计划现有超过200位来自全球的科学家参与其中。

该计划第一阶段（目级别）是由华大联合哥本哈根大学、杜克大学、中国科学院昆明动物研究所、中国科学院北京动物研究所等多家国内外知名研究机构组建成国际鸟类基因组联盟共同完成，首批成果共有28篇文章，于2014年12月12日以专刊形式发表于Science（8篇）、Genome Biology、GigaScience等杂志上（详情见http://avian.genomics.cn）。

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